Действительно, LOOT так и сортирует, анализируя содержимое, плюс автоматом устанавливается особый порядок для некоторых плагинов (приоритетами и правилами), плюс после сортировки пользователь может дополнительно установить правила сортировки для нужных плагинов, например для некоторых патчей, ну и все прежние сообщения лога, перешедшие от БОСС.
Все негодования оттого, что он ломает шаблоны той сортировки по группам, которая установлена в мастерлисте BOSS, чем и вводит в негодование и ступор, но на деле сортировка ЛУТ логичнее. Содержимое плагинов даже одной тематики не во всех случаях одинаковое и количество изменений каждым плагином оригинальной игры отличается, поэтому и порядок должен быть исходя из этих изменений. Тоже ещё первые альфа-версии не внушали доверия(сыроватость и всё такое), но где-то с версии 0.5 перешел на LOOT, довольно мягко, проблем в игре не возникло, вручную подправить пришлось пару патчей без зависимостей, около 240 подключенных esp\esm.
Утверждения про актуальность вначале и проблемы потом вообще принимать всерьез не стоит, они минимум нелогичны, порядок устанавливается сразу, правится вручную по желанию и при дальнейших сортировках навряд ли будет меняться, только при обновлении программы(усовершенствование алгоритма сортировки, новые глобальные правила в мастерлисте), либо при добавлении большого количества новых плагинов(что и без сортировки повлечет проблемы неизбежно).
А БОСС уже технически устарел и хоть пока и поддерживается, кое как, даже почти никак и поддержка БОСС неуклонно стремится к нулю. Уже и мастерлист БОСС если раз в месяц обновится парой новых записей, то уже счастье, а так никто не хочет тратить своё время на добавление кучи плагинов, поиск для них места в мастерлисте, добавление к ним сообщений и т.п. В остальном же LOOT более перспективен, поэтому как только на него перейдет подавляющее большинство пользователей, проект БОСС будет заморожен окончательно. Ускорить доведение LOOT до ума можно сообщениями об ошибках и т.п. вещах на сайте проекта, создав новую проблему (требуется регистрация и хотя бы какое-то знание английского, для описания): https://github.com/loot/loot/issues
Для предложения (действительно нужных)правил сортировки, приоритетов и сообщений для мастерлистов также можно воспользоваться соответствующими страницами (без необходимости вступления в проект):
https://github.com/loot/skyrim/issues
https://github.com/loot/oblivion/issues
https://github.com/loot/fallout3/issues
https://github.com/loot/falloutnv/issues